Năm 1979, Cù Lao Cở Túc (tức ấp Vĩnh Thạnh) của xã Vĩnh Trường được sáp nhập vào xã Vĩnh Hậu (lúc này cùng thuộc huyện Phú Châu).[1]

Ngày 13 tháng 11 năm 1991 huyện Phú Châu chia lại thành hai huyện An Phú và Tân Châu, xã Vĩnh Trường thuộc huyện An Phú.

Tại Vĩnh Trường có làng Chăm ở ấp La Ma. Cù lao Vĩnh trường khi xưa có tên là cù lao Ba do xuất phát từ tiếng Chăm "Kaoh Palau Ba", tức 3 cù lao (có lẽ các cù lao Vĩnh Thành, Vĩnh Trường,... khi xưa chưa dính liền với nhau).